村田組 vs 錦旗会　壮絶な死闘の末に待ち受ける“仁義”とは？

ひとり令和に舞い戻った大友一平（和田琢磨）を待っていたのは、様変わりした京都の勢力図だった。
敵対する錦旗会の侵略により、今や村田組は風前の灯。錦旗会の幹部・若松総太郎（柏木佑介）らが次々と村田組のシマを錦旗会のものにしていく。一平の妹・小夜（水谷果穂）も錦旗会の会長・北園郷蔵（吉田メタル）の目にとまり、愛人にさせられようとしていた。

村田組の舎弟・尾崎水月（木津つばさ）らわずかに生き残った組員たちさえ村田組の終焉を覚悟する中、ただ1人、一平だけが組を守るために錦旗会を追放しようと奮起。そこへ、再び蘭月童子（荒川ちか）が現れる。

僕が、君の願いを叶えてあげるよ。そう言って童子が呼び出したのは、坂本龍馬（松田凌）。今度は、令和の世に龍馬がやってきたのだった。一平は龍馬に、共に錦旗会を打ち倒すことをお願いする。

さらに、土方歳三（石黒英雄）、沖田総司（本田礼生）、原田左之助（小野健斗）ら新選組に加え、中岡慎太郎（赤澤燈）、桂小五郎（岡宏明）らも令和にタイムスリップ。村田組と錦旗会に分かれ、ヤクザたちの抗争に幕末の志士たちが参戦することとなる。さらに幕末にタイムスリップしたはずの伊達唯臣（鈴木勝吾）の姿も。令和の京都を舞台に、幕末の争乱のような戦いと野望が繰り広げられる。

テッペンを獲るのは果たして誰か。
ヤクザとサムライたちによる村田組と錦旗会の抗争の末に待ち受けるものとは―。